Naukowcy użyli chmury do replikacji superkomputera do badania chorób serca

Naukowiec z Harvardu wykorzystał platformę chmurową Google do sklonowania superkomputera do badań nad chorobami serca w nowatorskim posunięciu, które inni badacze mogliby zastosować, aby obejść niedobór potężnych zasobów obliczeniowych i przyspieszyć swoją pracę. 

Jak podaje Reuters, w Stanach Zjednoczonych istnieje tylko kilka superkomputerów, które są w stanie wykonać miliardy obliczeń, aby dokładnie naśladować warunki w badaniu Koumoutsakos. Według szefa platformy badawczej Citadel Securities, Costasa Bekasa, niewielka liczba maszyn zdolnych do przeprowadzenia badań stworzyła wąskie gardła w procesie naukowym.

Aby wyeliminować wąskie gardła, badacze i firmy, takie jak Citadel, które potrzebują ogromnej ilości zasobów obliczeniowych, które można znaleźć tylko w superkomputerach, zaczęły zwracać się do chmury publicznej. Ale operacje przetwarzania w chmurze nie są zaprojektowane tak, aby sprostać wymaganiom stawianym przez naukowców. Zostały zaprojektowane z myślą o milionach pojedynczych, stosunkowo niewielkich zadań obliczeniowych – takich jak strumieniowe przesyłanie wideo, udostępnianie stron internetowych lub dostęp do baz danych. Chmura jest zwykle budowana z myślą o niezawodności i odporności.

„Ludzie zdają sobie sprawę z potencjału chmury w rozwiązywaniu problemów i technicznych obliczeń inżynieryjnych, aby naprawdę uwolnić produktywność i uzyskiwać lepsze odpowiedzi, spostrzeżenia lepsze i szybciej” – powiedział Bill Magro, główny technolog obliczeń o wysokiej wydajności w Google Cloud.

Modyfikowanie infrastruktury chmurowej w taki sposób, aby zachowywała się jak superkomputer, wymaga zmian w oprogramowaniu, sieci i fizycznej konstrukcji sprzętu, powiedział Magro.

Według profesora Harvardu, Petrosa Koumoutsakosa, badanie symulowało terapię mającą na celu rozpuszczanie skrzepów krwi i komórek nowotworowych w ludzkim układzie krążenia, która wymagała ogromnej mocy obliczeniowej, którą zwykle można wykorzystać w superkomputerze.

„Wielkim problemem, jaki mieliśmy, było to, że mogliśmy przeprowadzić jedną symulację przy użyciu pełnowymiarowego superkomputera” – powiedział Koumoutsakos, dodając, że udoskonalenie lub optymalizacja symulacji wymaga dalszego dostępu do superkomputera.

Citadel pomógł sfinansować badania Koumoutsakos z firmą zależną Alphabet Inc, Google.